La Comisión de Árbitros de la FESFUT desempeña un papel crucial en el fútbol salvadoreño, garantizando la integridad y el desarrollo adecuado de los partidos. Su labor abarca desde la selección cuidadosa de árbitros hasta la evaluación rigurosa de su desempeño. A través de programas de formación continua, busca mejorar las habilidades técnicas y éticas de los árbitros. Además, asigna árbitros considerando la experiencia y la imparcialidad, para asegurar un arbitraje justo en todos los niveles de competición. En casos de irregularidades, la comisión impone sanciones, demostrando su compromiso con la justicia y la transparencia.